南京大学博物馆现藏甲骨580余片，多为20世纪上半叶原中央大学文学系、史学系征集，及金陵大学福开森、刘鹗外孙黄玉瑜捐赠，基本为王懿荣、刘鹗旧藏，另68片属方尔谦旧物。以下为各批甲骨由来：
1932年，金陵大学商承祚受徐养秋嘱托，整理福开森藏甲骨，从王懿荣、徐坊旧藏70余片中选拓37版，编成《福氏所藏甲骨文字》。1940年，国立中央大学西迁重庆后，史学系主任金毓黻发现系内藏甲骨300余片，知为西迁前分两次购得，多为刘鹗旧藏，少部分属叶玉森。金毓黼请李孝定摹写、蒋维崧释文，出版《中央大学史学系所藏甲骨文字》，著录252片，有字242片。1945年胡厚宣编《甲骨六录》时，收录增至277片。
南大所藏还有原中央大学文学院的170余片，来源可能为王瀣、胡小石、陈中凡等任教时购得。1925年，王瀣、柳诒徵与叶玉森共购刘鹗旧藏甲骨1300余片。1926年，陈中凡与中央大学等合购刘鹗旧藏2500多片，中央大学史学系购300余片，文学系或购部分。
此外，南大68片甲骨得自方尔谦，原属罗振玉旧藏，1936年方氏卒后由其子方冈出售。上世纪五十年代，黄玉瑜将刘鹗作为嫁女妆奁的5片甲骨捐赠南大。
南大所藏甲骨有王懿荣、刘鹗、罗振玉旧藏，虽以小片卜甲为主，刻辞少，有少量无字甲骨，但资料重要，对甲骨学及甲骨学史研究意义重大。
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