校史馆坐落于鼓楼校区北园南端，校史馆原为金陵大学图书馆，与北大楼遥相呼应，共同界定出金陵大学老校园的中心轴线。由著名建筑师杨廷宝先生设计，陈明记营造厂承建，1937年12月建成，该建筑第一个用途是难民收容所，庇护了两千余名难民。该建筑面积约3000平方米坐南朝北，建筑平面为丁字形，北侧为主楼，南侧为书库，地下室设锅炉房，阁楼设储物、陈列与研究室。建筑在外观上模仿中国北方宫殿式(官式)建筑，中部设置一座重檐歇山式楼阁，呼应金陵大学主轴线并强调建筑主入口。建筑师以当时最为先进的钢筋混凝土框架式结构，结合西方三段式立面构图手法，中式的梁柱配合大面积的钢窗营造出明亮宽敞的室内阅读空间，檐下的彩绘、门厅地面的彩色水磨石“金陵”纹案、烟灰色筒瓦屋面与清式龙吻脊兽等，呈现出华美典雅的中式传统建筑特征。该建筑是近代时期“中国固有式”风格的代表作之一，是金陵大学旧址的重要组成部分，现已列为全国重点文物保护单位。门楣镌刻的金色馆名“南京大学校史博物馆”九个字由原中央大学校长顾毓琇2001年(时年99岁)题写。百廿南大的菁华在这里淀积、呈现，记录着近代中国高校发展中的南大篇章。
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